消化道实际上是各种真菌侵入人体的重要途径。如果患者的肠道受到念珠菌、放线菌、毛霉菌、曲菌、隐珠菌等真菌的影响，就会感染真菌性肠炎，对患者的健康造成极大的危害。因此，患者应尽最大努力预防真菌感染。
患者可采取以下措施来预防真菌性肠炎：
避免诱因
控制广谱抗生素的应用，避免一般使用，减少长期使用。由于疾病的需要，长期使用者不可避免地要在一定阶段间隔使用抗真菌药物，以防止肠道菌群紊乱导致病原菌过度生长。
增强营养，增强身体抵抗力。
应谨慎使用糖皮质激素和免疫抑制药。
保护口腔及肠粘膜生理屏障的完整性，减少免疫功能低下患者的创伤。
防止真菌污染，治疗原发性病变
恶性肿瘤及血液病房应保持良好的通风干燥，防止真菌繁殖，增加外源性感染的机会。
若患者感染了艾滋病等免疫抑制症，应及时发现并治疗鹅口疮等部位的真菌感染，避免继发性真菌性肠炎。
患者需要进行静脉营养、血管导管检查和手术，必须严格进行无菌手术，防止真菌医院感染。
药物预防
高危人群，如艾滋病患者、肠道手术、器官移植等，如果要预防真菌性肠炎，应短期或长期小剂量预防用药。
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